Metropolis’un ışıklı caddelerinde, Lois Lane ve Jimmy Olson, şehri sarıp sarmalayan gizemle yüzleşir. Adalet Birliği’nin beklenmedik ve sırlarla dolu kayboluşuyla birlikte, şehirde bir kaos hüküm sürer. Bu tuhaf durumu çözmek için Adalet Salonu’na yönelirler ancak araştırmaları, ansızın ortaya çıkan bir hayaletin müdahalesiyle sekteye uğrar. Korku dolu anlarda, çaresizlik içinde, Lois ve Jimmy, yardım için en güvenilir ekibe, yani Mystery Incorporated’a başvurur. Ekip, hızla Metropolis’e doğru yola çıkar. Ancak yolda, şehrin Justice League’in yokluğunda süper kötüler tarafından ele geçirildiğini öğrenirler. Bu karanlık gelişme karşısında Lois ve Jimmy’nin tek sığınakları Daily Planet olur. Nihayet güvenli limanlarına varan ikili, durumu açıklamak için Mystery Incorporated ile buluşur. Birlikte, Adalet Salonu’nda derinlemesine bir araştırmaya girişirler. Ancak beklenmedik bir sürprizle karşılaşırlar: Lex Luthor, Mercy Graves ve hatta Luthor’un sadık köpeği Rex. Şimdi, bu karmaşık olayları çözmek için, Mystery Incorporated ve Lois ile Jimmy, Krypto adında güçlü bir süper köpek ile güçlerini birleştirmek zorundadırlar. Adalet Birliği’nin kayboluşunun perdesini aralamak için zorlu bir mücadeleye atılırlar.