Kayıp bir uygarlığın son temsilcileri olan uzaylılar, 1982 yılında dünya üzerinde bir sığınak aramaya karar verirler. Uzayın engin boşluğunda süregelen yolculukları, onları nihayet Güney Afrika’nın sakin bir köşesine getirir. Ancak bu yeni dünya, onların düşündüğünden çok daha tehlikelidir. MNU adlı hırslı bir şirket, bu yabancıların varlığını fark eder etmez harekete geçer ve onları District 9 adı verilen kapalı bir bölgeye hapseder. Şirket, bu varlıkların sahip olduğu ileri teknolojiyi ele geçirerek büyük bir kazanç sağlamayı planlamaktadır ve bunun için uzaylıların DNA’sını elde etmeye çalışır. Ancak planları, Wikus van der Merwe adlı bir çalışanın gizemli bir virüse maruz kalmasıyla rayından çıkar. Merwe, yavaş yavaş bir uzaylıya dönüşmeye başlarken, şirketin avı haline gelir. Kendi hayatı ve özgürlüğü için District 9’a kaçmak zorunda kalan Merwe, burada insanlarla uzaylılar arasında sıkışıp kalmış bir dünyada hayatta kalmaya çalışır. Artık hem insanlığın hem de uzaylıların kaderi onun ellerindedir.